Conocida como la Perla de Sayago, por su importancia en el transporte fluvial, Villadepera se sitúa al abrazo del río Duero en la frontera de Sayago con la comarca de Aliste y Portugal. Una zona con un imponente paisaje de penillanura únicamente roto por los grandes cañones graníticos que el río ha ido horadando a lo largo de los años.
De origen romano, por el pueblo pasaba una antigua calzada que hoy se encuentra sepultada por la actual carretera, lo que le convirtió en una estratégica zona de paso por tierra y por agua. Perteneciente al Reino de León durante la Edad Media, el municipio se integró en la provincia de Zamora en el siglo XIX.